কাজের সুবিধার্থে স্বাস্থ্য মন্ত্রণালয়কে দুই ভাগ করা হয়েছে। এ দুটি বিভাগের একটি স্বাস্থ্যসেবা বিভাগ ও অপরটি স্বাস্থ্য শিক্ষা ও পরিবারকল্যাণ বিভাগ। গত ১৬ মার্চ মন্ত্রিপরিষদ বিভাগ থেকে স্বাস্থ্য  মন্ত্রণালয়কে দুই ভাগ করে আদেশ জারি করা হয়।

রাষ্ট্রপতির আদেশক্রমে মন্ত্রিপরিষদ সচিব শফিউল আলম স্বাক্ষরিত আদেশে বলা হয়েছে, রুলস অব বিজনেস ১৯৯৬-এর ৩-এর সাব রুল (১) প্রদত্ত ক্ষমতাবলে প্রধানমন্ত্রী শেখ হাসিনা স্বাস্থ্য মন্ত্রণালয়কে পুনর্গঠন করে এ দুটি বিভাগ গঠন করেছেন।

স্বাস্থ্য মন্ত্রণালয়ের একাধিক কর্মকর্তা জানান, স্বাস্থ্যসেবা বিভাগের আওতায় বিশেষায়িত হাসপাতাল, মেডিকেল কলেজ, জেলা, উপজেলা, ইউনিয়ন হাসপাতাল, কেন্দ্র এবং কমিউনিটি ক্লিনিক, নার্সিং ব্যবস্থাপনা, ওষুধ অধিদফতরের কর্মকাণ্ড, বেসরকারি হাসপাতাল, ক্লিনিক এবং ডায়াগনস্টিক সেন্টারের পরিচালক পরিবীক্ষণ, প্রমোটিভ, প্রিভেনটিভ, কিউরেটিভ এবং রিহ্যাবিলিটেটিভ সার্ভিসেস, সংক্রামক ও অসংক্রামক রোগ প্রতিরোধ, নিয়ন্ত্রণ এবং নির্মূল, বিসিএস স্বাস্থ্য ইত্যাদি থাকবে।

অপরদিকে স্বাস্থ্য  শিক্ষা ও পরিবারকল্যাণ বিভাগের আওতায় থাকবে পরিবার পরিকল্পনা, মেডিকেল শিক্ষা ও ডেন্টাল শিক্ষা (ম্যাটস্ এবং আইএসটি ), নার্সিং এবং মিডওয়াইফারি, হোমিওপ্যাথি এবং দেশজ চিকিৎসা ও  বিসিএস পরিবার পরিকল্পনা ইত্যাদি।